Im Vergleich zur Vorversion von 1997 ist das Fachkonzept der IT-WiBe an wenigen Stellen verändert. Dennoch wurde anstelle der “Version 3” die Bezeichnung “WiBe 21” gewählt, um zu verdeutlichen, dass diese Version (Fachkonzept und Software) einige Besonderheiten gegenüber früher aufwies. So wurde der Kriterienkatalog aktualisiert und ergänzt und die Option zur Aufzinsung von Zahlungsströmen in die Software eingeführt. Die Software gestattete erstmals auch die Entwicklung und Verwendung von Kriterienkatalogen, die nicht an das IT-WiBe Gerüst gebunden waren. Damit konnte die anwendende Behörde auch Projektarten außerhalb der IT mit dem WiBe Konzept auf Wirtschaftlichkeit prüfen. Dies entsprach einer Empfehlung des Bundesrechnungshofes in seinen Jahresbemerkungen.
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